Los últimos censos de invernantes elaborados por la Consejería de Medio Ambiente y Ordenación del Territorio de la Junta de Andalucía en el marco del Programa de Seguimiento de la Fauna Silvestre han contabilizado la presencia de unos 250 ejemplares de cigüeña negra en Andalucía, lo que supone el 10 por ciento de la población migrante de Europa occidental.
Esta cifra confirma la tendencia creciente en la región de la población invernal de esta especie en peligro de extinción, un incremento que se puede atribuir a los efectos del cambio climático y al buen estado de los humedales.
En Andalucía, la cigüeña negra se distribuye por las marismas, arrozales y barbechos de regadío de las márgenes de la desembocadura del Guadalquivir (85%), el parque natural Bahía de Cádiz, el valle del Guadalhoce (Málaga) y Marismas del Odiel (Huelva).
Según los resultados del seguimiento de la invernada realizado desde 2003 hasta ahora, la población de esta especie va aumentando anualmente en la región un 4,2 por ciento desde inicios de siglo, con un máximo de 412 individuos censados durante el invierno de 2011-2012.
