Los grandes desafíos para proteger la salud de los ecosistemas marinos son, según los especialistas, la sobrepesca; la captura incidental de especies amenazadas como el delfín franciscana, las variedades de tortugas marinas, rayas y tiburones; la mortalidad de especies no deseadas por prácticas no sustentables; el descarte de basura pesquera y de otros residuos, que producen altos niveles de contaminación en el mar.
Otra problemática, de más difícil fiscalización, es la introducción incidental -o adrede- de especies invasoras que descartan los barcos internacionales y que modifican la cadena trófica.
Entre las áreas más vulnerables por la pesca ilegal de barcos chinos, coreanos, taiwaneses y españoles, afirman los especialistas, está el Agujero Azul, un área rica, en el límite de la plataforma continental patagónica, unos 400 kilómetros al este del golfo San Jorge, que forma parte del frente productivo del talud, eje de la ruta migratoria del calamar argentino.
A pesar de la leyes argentinas, las restricciones de pesca en la Zona Económica Exclusiva han probado ser ineficaces.
El mar argentino concentra al menos 43 especies marinas de aguas abiertas amenazadas, que no se encuentran en zonas costeras. De allí la importancia de resguardar y delimitar áreas con altos niveles de biodiversidad que deben ser protegidas, indican los biólogos. Distintos tipos de tiburones, como el escalandrún, el cazón y el bacota, y varias especies de rayas son objeto de captura incidental de forma indiscriminada.
Los cinco tipos de especies de tortugas marinas, como la carey, la verde y la cabezona, entre otras, engrosan la lista de fauna marina en peligro crítico de extinción.
Sobre los albatros serrantes, de tres metros de largo, y los pingüinos penacho amarillo pesan amenazas a nivel mundial.
Otros tipos de aves como los petreles y variedades de pingüinos también figuran en la lista de especies vulnerables, con distintos grados de amenazas, denunciadas por la comunidad científica internacional.
