Si llueve poco, los efectos de la sequía obligan a drásticos racionamientos de agua potable para varios municipios del departamento de Choluteca, principalmente su ciudad cabecera, del mismo nombre, y la más importante de la zona.
La otra cara de la misma moneda es cuando llueve mucho, ya que las aguas del principal río que abastece a la zona, el Choluteca, corren a desembocar al mar causando mucho daño a su paso como severas inundaciones y la destrucción de cultivos agrícolas, entre otros sectores productivos.
La destrucción del bosque, un problema que afecta a todo el país centroamericano, es una de las causas para que la zona sur de Honduras, conformada por los departamentos de Choluteca y Valle, sufra mucha durante la estación seca, lo mismo que en invierno.
Una buena parte del departamento de Valle no sufre tanto los efectos de la sequía, ya que cuenta con una represa que, además de generar energía eléctrica y agua potable, sirve para la producción agrícola, ganadera e industrial.
