El borrego cimarrón, el cóndor californiano, la vaquita marina y la totoaba son los animales más conocidos en riesgo de desaparecer de los que habitan en esta zona; sin embargo, hay 42 especies de la región que están en situación similar.
Cada una de estas especies se encuentra en la lista de la Norma Oficial Mexicana NOM-59, de la Secretaría de Medio Ambiente y Recursos Naturales, que habla de la protección ambiental-especies nativas de México de flora y fauna.
De las 42 especies, 25 están bajo la condición de protección especial, 12 como amenazadas y 5 se encuentran en peligro de extinción.
En 2013, como parte de un programa de restauración integral y regional, se inició la restauración y conservación de las poblaciones de aves marinas mediante el uso de un sistema de atracción social, la remoción de vegetación invasora, señalización y monitoreo, en las Islas del Pacífico de Baja California.
